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本気で相手の云ってる意味がわからなかったことがあって思わず「は？」と訊き返すと、不機嫌な顔をされたことがあります。不機嫌になるのは当たり前です。云うほうからすれば云ってるのが通じないわけっすから。意思疎通しようとしてる相手からシャットアウトされてるのと同じだからです。でもって意図的に「は？」と、問い返すやりかたって、けっこう凶器的なんじゃないか、と思ってます。ダウンタウンの浜ちゃんがよく使ってた記憶があって、浜ちゃんは相手の説明の面白さ・性格の面白さを引き出すために意識的に「は？」「はあ？」を連発してたのですが、場合によってはたぶん凶器にもなります。判っててもわからないフリをするときにも便利だし、否定したいときに便利なのです。異なる見解・自分の気に食わない意見をはねつけることもできるわけで、楽なんすよね。その点で「は？」「はあ？」というのは場合によっては「相手がどのような見解に達しようと、こちらの見解の方が正しいから否定する」場合にもとられやすい・つかいやすい・つながりやすかったりします。
ただ見解が異なるのはたいていどちらかが方向を間違えた可能性が高いけど、えてして当事者双方はそれが間違ってるとは思ってないわけで、こっちが合ってるのかどうか判らないことが多いので（問題の所在を改めて教えてもらってる場合もありうるので）気をつけるようにしてます。それでもときたまやっちまうのですが。
言葉遣いって難しいっす。